Pymol Apbs Binário Opções

APBS, PDB2PQR, PyMol, VMD Índice: Introdução ao PDB2PQR Siga as instruções na página Preparando Estruturas Práticas para acessar o servidor web PDB2PQR online. Este programa muda o arquivo pdb para o formato pqr, adicionando hidrogênios perdidos, alguns átomos pesados ​​ausentes e otimizando a estrutura protéica. Primeiro, siga as instruções no link acima para acessar o site PDB2PQR. Você já deve ter em mente uma forma selecionada de proteína pdb. org. (O meu exemplo usará a proteína 2HNY) Como eu quero que meu arquivo seja compatível com o VMD, para as duas configurações escolhidas, escolha um campo de força para usar: e Escolha um esquema de nomeação de saída para usar, escolha a opção CHARMM (PARSE também funciona ). Para executar com o apbs, você precisa alterar a configuração em pdb2pqr para inserir espaços em branco entre o nome do átomo e o nome do resíduo, entre x e y e entre y e z Com o PDB2PQR, infelizmente o programa exclui os ligandos perdidos que estão na molécula, O que significa mutar de acordo, um arquivo MOL2 deve ser tomado (o qual está disponível no site do banco de dados ZINC). Baixando um arquivo PDB ou PQR para APBS offline Depois de executar o PDB2PQR no site, clique no arquivo em Arquivos de Entrada rotulados como 14084693082.pdb (o número será diferente, mas terá um final. pdb). Isso deve iniciar um download (É útil renomear o arquivo para 1FAS. pdb porque fica confuso quando você possui muitas cadeias de caracteres diferentes para diferentes proteínas) Agora você deve baixar o mesmo arquivo numerado em arquivos de Saída (o meu é chamado 1408469302). Pqr). Desta vez, você não pode clicar nele (pois ele apenas abrirá uma página da Web com todas as informações do arquivo. Você deve clicar com o botão direito do mouse e salvar o link como esse. Certifique-se também de que o arquivo baixado termina em um. pqr, mas uma vez mais O número não será o mesmo que o da imagem. Introdução ao APBS APBS é uma ferramenta útil para encontrar o campo eletrostático de uma proteína. Certos componentes precisam estar no lugar para o APBS funcionar, incluindo os espaços em branco devem estar no lugar. Para executar uma proteína através de APBS (online). As etapas seguem os mesmos passos na criação de uma estrutura de modelo de proteína PDB2PQR, com exceção de uma pequena diferença. Em seguida, clique em enviar e ela irá levá-lo para a página para a proteína corrida PDB2PQR. No final da página, clique e aguarde até que o APBS seja executado. Em seguida, baixe o arquivo. dx. gz e esse é o fim da sessão do APBS. Nota: Descompactar o arquivo. dx. gz pode ser feito usando qualquer configuração de programa de descompactação ACIMA do seu computador para APBS AVISO DE RESPONSABILIDADE: ESTEJA PARA USUÁRIOS DO WINDOWS SOMENTE ( ) Para executar o APBS usando a linha de comando, você precisará primeiro baixar o binário APBS de projetos do sourceforge. net e também baixar a versão mais recente da versão 2 do python (lançamentos de download do python. org 2.7.2 a partir de 8 8 2014) . Por que usar a linha de comando Isso dá ao usuário muito mais poder sobre as funções executáveis, imediatamente descompacta o arquivo e é bastante simples de usar. Para fazer o diretório, basta copiar e colar C: Python27C: Python27ScriptsC: Utilpdb2pqr-windows-bin-1.9.0C: apbsbin e clique em OK. Agora você pode executar o APBS Como executar o APBS a partir da linha de comando DISCALIMER: ESTE TUTORIAL ESTÁ USANDO UM COMPUTADOR WINDOWS E WINDOWS COMMAND PROMPT Primeiro, antes de executar o APBS através da linha de comando, você deve garantir que os arquivos de proteína desejados estejam na mesma pasta que O prompt de comando do apbs. Se o APBS foi baixado corretamente, ele deve estar no seu drive C () quando você abrir o computador no menu Iniciar. Clique na pasta APBS e, na pasta APBS, crie uma nova pasta para todas as suas proteínas, etiquetar a pasta de acordo, e lembre-se do nome da pasta. É importante lembrar que, ao colocar arquivos de proteína na pasta, você precisa colocar tanto o PQR como o arquivo IN correspondente. Os arquivos PQR e IN podem ser obtidos a partir do servidor web PDB2PQR. (Um arquivo PQR é a informação sobre a proteína, enquanto o arquivo IN é um arquivo de comando que informa ao APBS como calcular os campos eletrostáticos. O arquivo In é exclusivo de um arquivo PQR (como especifica seus comandos para um único arquivo PQR) E também contém outras informações, como dimensões e especificações de cálculo. Ambos os arquivos são necessários para executar o APBS) Um exemplo do servidor web pdb2pqr e do pqr e nos arquivos Agora que as pastas estão configuradas, você pode abrir a linha de comando. Para abrir o menu Iniciar, digite cmd. exe e abra o prompt de comando, esta é a execução da linha de comando para APBS. O prompt de comando deve parecer algo semelhante a este: agora, digite espaço, cd, espaço, apbs e pressione enter. Você está agora na sua pasta APBS. Para chegar à sua pasta de proteínas, digite o CD, o espaço, digite a primeira letra do nome da pasta e clique na guia até aparecer o nome da pasta. Em seguida, pressione enter (O que a tecla de tabulação é para encontrar todos os arquivos que começam com as letras que você digitou, por exemplo, se você digitari i, então a guia, o prompt de comando seria desativado, em ordem alfabética, todos os seus arquivos na pasta que começam Com i) Agora que você está em sua pasta com seus arquivos PQR e IN, usando a tecla curta da guia (conforme mencionado acima), digite a primeira letra do arquivo IN desejado. Isto é muito importante, o apbs não precisa do arquivo PQR, ele precisa do arquivo IN para operar. Depois de encontrar seu arquivo IN, pressione enter e o APBS executará seus cálculos e salvará um arquivo DX (Arquivo contendo coordenadas de campos eletrostáticos) em sua pasta. Você terminou executando APBS Potencial de tamanho de memória e problemas de valor de moeda de dez centavos Você pode encontrar os valores de moeda de dez centavos passando pelo arquivo de entrada (.in). Você pode alterar os valores DIME de um arquivo APBS passando por um editor de texto e alterando manualmente os valores padrão. A imagem acima mostra um arquivo. in de amostra, que pode ser obtido após a execução do PDB2PQR na proteína desejada. Os valores de Dime são as dimensões para a grade XYZ para a proteína. Cada ponto de grade requer cerca de 160B de memória, e para obter o número total se os pontos da grade, os elementos da grade x, y, z são multiplicados. O solucionador multi-grid itera sobre todos esses elementos para encontrar o potencial eletrostático em cada um desses locais. Os valores de dime padrão em PDB2PQR são baseados no tamanho da proteína. Para expandir os valores DIME, uma vez que um computador só conhece a convenção 1s e 0s é usada para codificar e decodificar valores para os bits e bytes na memória, isso geralmente é chamado de sistema tipo. Um byte de 8 bits tem oito slots por um bit (1 ou 0), portanto, se você estiver considerando apenas números positivos, pode manter um valor entre 0 (00000000) e 28 1 (11111111) que é 255 (embora 28 seja 256, E temos que subtrair um porque 0 ocupa um slot). O problema é que o APBS usou um inteiro assinado na versão 1.4 para armazenar o número total de elementos. Se o total for maior do que 2 (n-1) - 1, onde n é a largura do inteiro (no nosso caso, um intervalo de 32 bits de largura, portanto, 2 (n-1) 2,147,483,648), o número transbordou e parecia um negativo número. APBS e visualização A proteína necessária para este tutorial PyMol (1FAS a. k.a Fasciculin-1). Fasciculin-1 é um inibidor da acetilcolinesterase (este composto termina a comunicação entre células musculares) no veneno da mamba verde. Isso permite que o potencial de ação seja desencadeado, o que causa pequenas contrações musculares involuntárias (paralisa o sujeito injetado). Para configurar a molécula, siga as instruções do Introduction to PDB2PQR acima. Eletrostática calculadora O Poisson-Boltzmann Solver adaptativo (APBS) é um pacote de software para modelagem da solvatação biomolecular, resolvendo a equação de Poisson-Boltzmann (PBE). O PBE é um modelo contínuo popular usado para descrever interações eletrostáticas entre solutos em meios salgados e aquosos. A eletrostática contínua desempenha um papel importante em várias áreas de simulação biomolecular, incluindo: Simulação de processos difusórios para determinar a proteína ligando-proteína e proteína-proteína de ligação, dinâmica molecular solvente implícita de biomoléculas, cálculos de solvência e energia de ligação para determinar proteína ligando e proteína - Constantes de ligação ao equilíbrio protéico e ajuda no desenho racional de drogas e estudos de titulação biomolécula. O APBS foi projetado para avaliar eficientemente as propriedades eletrostáticas para tais simulações para uma ampla gama de escalas de comprimento para permitir a investigação de moléculas com dezenas a milhões de átomos. Nós também fornecemos modelos solventes implícitos de solvatação não polar que explicam com precisão as interações repousantes e atraentes solvente-solvente. Como calcular Electrostatics: depois de ter configurado suas estruturas através da página Getting Structures Ready, você verá um link para executar seus resultados com o solucionador web APBS. Siga esse link e você será direcionado para a página da APBS. Pressione Iniciar para executar o APBS usando o arquivo de entrada gerado pelo servidor da Web PDB2PQR, ou clique na caixa de seleção para ver as opções avançadas (mostradas abaixo). Linha de Comando Usando o arquivo de entrada APBS gerado pelo PDB2PQR (através da linha de comando ou baixado do servidor web), você pode executar APBS diretamente da linha de comando da seguinte maneira: Plugin PyMOL APBS O pacote de software de gráficos moleculares PyMOL pode executar o APBS e Visualizar os potenciais eletrostáticos resultantes. Abaixo estão as instruções para realizar uma demonstração básica de como passar de uma entrada PDB para um plano de estrutura e potencial em PyMOL usando APBS. Gerando o PQR Gerar o arquivo PQR usando as etapas descritas em Obter Estruturas Pronto Bem, continue com o exemplo com fasciculina-2 (PDB ID 1FAS), uma neurotoxina de cobra que liga a acetilcolinesterase com carga negativa. Carregue o arquivo PQR que você criou no PyMOL (File Open) e escolha sua representação gráfica favorita da estrutura molecular. Executando o cálculo da eletrostática Vá para as Ferramentas APBS do Plugin para abrir o plugin de cálculo APBS. Sob a aba principal da janela PyMOL APBS Tools, selecione Usar outro PQR e navegue até (através do botão Escolher PQR Externamente Gerado) ou insira o caminho para o seu arquivo PQR. Este passo é necessário para garantir que você use os raios e as cobranças atribuídas pelo PDB2PQR. Sob a guia Localização APBS da janela PyMOL APBS Tools, navegue até (através do local binário APBS: botão) ou insira o caminho para o binário APBS local. Não é necessário fornecer um caminho para o binário APyc psize. py para a maioria das biomoléculas. Na guia Locais de arquivos temporários da janela PyMOL APBS Tools, personalize as localizações dos vários arquivos temporários criados durante a execução. Isso pode ser útil se você quiser salvar os arquivos gerados para uso posterior. Sob a guia Configuração da janela PyMOL APBS Tools, pressione a grade Definir para definir os espaçamentos da grade. Os valores padrão geralmente são suficientes para todas, senão as biomoléculas mais altamente carregadas. Sob a guia Configuração da janela PyMOL APBS Tools, personalize os parâmetros restantes, os padrões geralmente estão OK. Sob a guia Configuração da janela PyMOL APBS Tools, pressione o botão Executar APBS para iniciar o cálculo APBS. Dependendo da velocidade do seu computador, isso pode demorar alguns minutos. O botão Executar APBS não será selecionado quando o cálculo for concluído. Note-se que concentrações de 0,150 M para as espécies de íons 1 e 1 são muitas vezes úteis para garantir que as propriedades eletrostáticas não sejam excessivamente exageradas.